肿瘤科成立于2000年，集医疗、教学、科研和预防于一体，是山东省重点中医专科、济宁市重点中医专科，山东省癌症中心首批成员单位，山东省肿瘤医院规范化诊疗基地，鲁西南胸部肿瘤MDT诊疗联盟委员单位，济宁医学院附属医院肿瘤专科联盟理事单位，山东省中西医结合血液病专科联盟成员单位，解放军第960医院血液科协作组协作科室，济宁市第一人民医院血液病专科联盟副理事长单位，卫健局批准的“曲阜市肿瘤医院”，国家肿瘤微创综合治疗高技术产业化示范工程临床示范基地，承担卫生部上消化道癌症早诊早治项目；山东省中医药大学、济宁医学院及山东中医药高等专科学校教学实习医院。
  配备美国瓦里安IX放疗加速器、飞利浦数字减影血管造影系统、体外高频热疗机等肿瘤治疗设备。形成了手术、放疗、化疗、介入治疗、体外热疗与体腔热灌注、靶向治疗、免疫治疗、中医药等一整套肿瘤综合治疗方案。