曲阜市中医院儿科是山东省中医药临床重点专科、齐鲁中医药优势专科集群成员、山东省中医儿科质控中心单位、山东省立医院儿科联盟单位、山东省立医院儿科呼吸联盟单位、济宁市第一人民医院及济宁医学院附属医院儿科联盟单位，是以中西医结合治疗肺系、脾系、心肝病证、肾系及紫癜等疾病为重点的综合科室。科室现有医护人员30人，其中医疗11人，曲阜市儿科圣手1人、副主任医师3人、主治医师6人、硕士研究生3人；护理19人，副主任护师1人、主管护师9人、护师9人，形成了拥有高、中、低三级技术职称的合理学术梯队。现设有儿科专家门诊、普通门诊、中医专病门诊（包括厌食、遗尿、哮喘病等）。病房设置合理，开放床位55张；2014年成立NICU,设置床位7张，科室现配备呼出气NO监测仪、可视喉镜、肺炎肠炎治疗仪、隔物灸仪、心电监护仪、NCPAP、婴儿培养箱、红外线治疗仪、新生儿黄疸检测仪等医疗急救设备，可收治儿科常见病、多发病及救治急危重症患儿，年门诊服务能力4万多人次、住院服务能力4千多人次。
  科室坚持中医特色，在继承发掘传统医学精髓的同时，注重吸收和运用现代医学先进诊疗手段，强调整体观念、辨证论治，通过长期摸索和实践，对小儿常见病、多发病及各种疑难杂症形成了一套行之有效的治疗方案。尤其擅长诊治感冒、咳嗽、肺炎喘嗽、哮喘、口疮、呕吐、泄泻、厌食、腹痛、惊风、尿频、湿温、紫癜等疾病。对急危重症病人（如心衰、呼衰、哮喘持续状态、抽搐持续状态、急性喉炎喉梗阻、电解质紊乱、糖尿病酮症酸中毒、过敏性休克、消化道出血、急性胰腺炎等）及各种中毒的抢救有丰富经验。科室主要开展穴位贴敷、小儿推拿、耳尖放血、耳穴压豆、艾灸、热奄包、中药熏洗治疗等中医治疗项目及雾化吸入、蓝光照射、呼出气NO监测等医疗技术，应用中药制剂、中药院内制剂、开展特色中医疗法，中医参与率达90%以上，病床使用率近100%，中西医结合临床效果显著，处于曲阜领先地位。
儿科自2010年至2013年连续4年被医院评为医疗质量控制先进科室，自2014年至2019年连续6年被医院评为突出贡献先进科室， 2015年被评为济宁市第五批中医药重点专科，2016年被评为山东省十三五中医药重点专科建设单位，2021年被评为山东省中医药临床重点专科。
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