曲阜市中医院内镜室成立于1992年，科室现有工作人员10名，其中主治医师4名，主管护师2名，护师2名，护士2名；拥有日本奥林巴斯主机3台，奥林巴斯260胃肠镜7条，奥林巴斯气管镜1条，碳13C呼气试验仪器1台。目前熟练开展电子胃镜、结肠镜、气管镜及幽门螺旋杆菌检查，对食管、胃、十二指肠及结肠的炎症、溃疡、肿瘤、静脉曲张等病变有确诊价值。现已常规开展无痛胃\肠镜检查、消化道息肉切除术、上消化道异物取出术、食管静脉曲张套扎与硬化术、内镜下钛夹止血术、ESD、EMR等。
内镜室至2009年7月份医院承担了国家卫健委“食管癌上消化道癌早诊早治项目”，已完成早诊早治项目胃镜检查30000余例，常规开展的放大染色胃肠镜检查技术，使得消化道早期癌的检出率提升，其中查出早期癌症400余例；该项目已纳入了曲阜市惠民工程。2020年完成内镜下治疗近百例，治疗效果良好，无并发症发生。
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